PUSdEP berada di bawah pengelolaan Program Studi Ilmu Religi dan BUdaya (IRB), Pasca Sarjana Universitas Sanata Dharma, Yogyakarta. Sehingga visi dan misi PUSdEP mengikuti visi dan misi IRB, dengan isi sebagai berikut:
Visi
Program Magister Ilmu Religi dan Budaya ingin mewujudkan budaya dan Masyrakat Indonesia yang komunikatif- emansipatif, sehingga bias mempercepat proses demokrasi dan pembentukan masyrakat sipil di Indonesia.
Misi
- Mempelajari proses produksi budaya dari tiga sisi: basis social pendukung suatu budaya, bentuk-bentuk ekspresi budaya dalam kaitannya dengan pembentukan identitas kelompok, dan interaksi antar kelompok social-budaya dalam mempertahankan dan mengembangkan budaya dan identitasnya.
- Mempelajari masalah religi dari tiga sisi: sejauh mana religi dapat menjadi prinsip yang mendinaminasi kelompok social yang ada atau mendorong munculnya kelompok-kelompok social baru, sejauh mana religi mendorong kelompok-kelompok social untuk melahirkan ekspresi-ekspresi budaya, dan sejauh mana religi memberikan inspirasi pada kelompok-kelompok social-budaya dominan.
- Mengembangkan kajian social-kemanusiaan lintas disiplin dengan meletakkan landasan epistemologis yang memadahi sehingga menghasilkan para pemikir dan peneliti dengan berbagai perspektif dan peka atas persoalan-persoalan masyrakatnya, khususnya persoalan-persoalan keagamaan yang sering menjadi isu kontroversial.